2023年2月14日发布的《关于横琴粤澳深度合作区符合条件的产业企业实质性运营有关问题的公告》针对横琴深合区的特殊地理区位，为促进境内外人才实现流动高度便利化，明确要求实质性运营企业一定比例人员“一个纳税年度内在合作区缴纳六个月（含）以上基本养老保险等社会保险”，公告未要求企业人员在深合区的居住天数，政策执行更加科学合理。
企业实质性运营的申报管理遵循“包容审慎监管”原则，横琴深合区采取“自行判定、申报承诺、相关资料留存备查”的管理方式，以列举的方式明确规定了5项需要企业整理留存备查的资料，简洁明确，为企业申报提供便利。
横琴深合区与海南自贸港在企业实质性运营要求上，既有不少相同点，也存在区别，以下选取部分政策内容。
国家税务总局横琴粤澳深度合作区税务局、横琴粤澳深度合作区财政局等五部门联合发布的《关于横琴粤澳深度合作区符合条件的产业企业实质性运营有关问题的公告》是对《财政部 税务总局关于横琴粤澳深度合作区企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2022〕19号）以及《广东省财政厅 国家税务总局广东省税务局转发财政部 税务总局关于横琴粤澳深度合作区企业所得税优惠政策的通知》（粤财税〔2022〕17号）中对拟申请横琴深合区企业所得税优惠政策企业提出的实质性运营的细化要求与政策落实。
值得关注的是，国家税务总局海南省税务局等三部门已于2021年3月5日发布了《关于海南自由贸易港鼓励类产业企业实质性运营有关问题的公告》，并于2022年9月27日进一步发布《关于海南自由贸易港鼓励类产业企业实质性运营有关问题的补充公告》，同样就拟申请税收优惠的企业在海南自贸港的实质性运营要求进一步予以明确与细化。
两地税务部门等多部门也将加强事中政策辅导和事后风险防控。遇到难以界定的情况，将通过企业实质性运营判定工作机制研究确定，维护合法经营市场主体权益。
横琴粤澳深度合作区&海南自由贸易港“实质性运营”对照表
